「一年戰爭」中的THUNDERBOLT宙域、一年後地球上的塔阿爾火山基地……伊歐•弗雷明與達利爾•羅倫茲一再爆發激戰。在地球的戰鬥過後，與南洋同盟的主力部隊失散的達利爾，與嘉雷（前）中校聯手，以上宇宙為目標。地球聯邦軍的伊歐射殺了原來是南洋同盟間諜的好友科涅里亞斯，陷入PTSD後又重新站起。兩人最終的目的地，也就是南洋同盟僧正，雷凡•胡覬覦的SIDE 3吉翁共和國……為了再次交鋒做準備，兩位王牌駕駛各自尋求新的武器──